En realidad no 'salieron' de ningún lado. Las personas los han programado, como bien te dijeron arriba, desde antes que existiera el Internet.

Los motivos, muchos y variados. Por ejemplo, cuando existían los discos flexibles de 5 1/4, las empresas que vendían software trataban por muchos medios de evitar que les copiaran sus discos. Algunos trucos aún se usaban hasta hace poco. Entre estos había uno que era esconder rutinas que borraran el disco si no estaba propiamente metida la clave de activación. Eso puede considerarse una especie de virus.

Todo aquel que ha programado -creo- ha podido darse cuenta que existen multitud de comandos que te permiten hacer programitas malos con cara de buenos... 
Otros, los que se meten con el sistema operativo de las máquinas, bueno, ya están en otro nivel. Y así, mientras más elementos tienes de programación en un cierto tipo de aplicación, es más fácil que llegue alguien a inventarse un virusín o pedazo de software que de molestias.

También se ha dicho que hay un gran negocio allá afuera para las empresas que hacen antivirus. Se dice que ellos mismos los sacan para luego vacunarnos a todos. Improbable pero no descabellado.
Y conforme va tomando importancia el internet los usos se vuelven cada vez mas complejos, y perversos.